Согласно архивным данным, школа основана в июле 1841 года. Вначале окружным отделом Вологодского управления государственных имуществ  с целью приготовления мальчиков к писарским должностям на средства мирных поселян было открыто Лохско-Введенское училище. Переданное в ведение Никольского земства  с 1870 года оно стало называться Байдаровским.

В 1874 году училище в первом полугодии посещало 38 мальчиков и 1 девочка,  во втором полугодии - 31 мальчик и 1 девочка.  Населения  в то время было более 5 тысяч человек: 2504 мужчин и 2593 - женщин.

По сведениям, полученным от старожилов,  известно, что училище находилось в нижнем этаже небольшого деревянного здания волостного правления в верхней части деревни Байдарово, которая в то время называлась Шилово. В 1889 году, наряду с земской, была открыта церковно-приходская школа, первоначально смешанная, а потом в 1894 году  преобразованная в женскую. 

С этого года было введено раздельное обучение мальчиков и девочек, и  школа занимает помещение, в котором раньше был приходской храм.  Построена эта церковь была около 1800 года -  первоначально с каменным нижним и деревянным вторым этажом и куполом. В конце XIX века училище занимало верхний этаж, а церковно-приходская школа - нижний этаж старой церкви. В 30-е годы  деревянная часть церкви сгорела. В начале XX века школа занимала не только старое церковное здание, но и половину пятистенного дома в деревне Большой Двор (во второй части этого дома был ночлежный приют). В первые годы после революции школа оставалась в том же здании, а потом в ее работе  был небольшой перерыв. Когда  в старой церкви разместился маслозавод, школа была переведена в деревню Байдарово, в здание волостного правления, которое также сгорело в 1933 году. Наполняемость классов была  от 30 до 40 учащихся.  Школа была начальной до 1935 года, затем была построена  из свезённых кулацких домов семилетняя школа, но места для классных комнат не хватало. Во второй пятилетке (1933-1937 г.г.) обстановка в школе резко изменилась, в деревне появилась тяга к образованию. До открытия новой семилетней школы ученики из Байдаровского сельсовета, кто хотел продолжить образование, учились в Никольске и Теребаевской ШКМ (школа колхозной молодежи).  С 1935 года многие стали получать семилетнее образование в Байдарове. Кроме  Байдаровского сельсовета в школе училось много детей из Кумбисерского и  Краснополянского сельсоветов, а интерната не было, поэтому почти в каждом доме Байдарова и ближних деревень жили на квартирах по 1, 2, а то и по 3 ученика. В школе обучалось до 300 и более детей. Классы были и в частных домах.  Начальные школы были в Шалашневе (здание школы – один из раскулаченных домов, сохранилось до сих пор), в Кудрине, в Чушевине, в Крутихе (Балясино), в Рассохине. В предвоенные годы строилось новое двухэтажное деревянное здание семилетней   школы, а к концу строительства уже возникла необходимость открывать среднюю школу.   Первого сентября  1940 года в новом здании была открыта Байдаровская средняя школа. 

С началом Великой Отечественной войны  ушли на фронт несколько учителей.  Из них отдали жизнь в боях за Родину: бывший директор  семилетней школы К.А. Щукин,  директор только что открытой средней школы, учитель истории Н.А. Барболин, учитель географии Н.В. Тропин, учитель русского языка и литературы Я.С. Горбунов. Прямо со школьной скамьи уходили на фронт и учащиеся. Во время войны в Байдарове был детский дом, который разместился в здании бывшей семилетней школы. Здесь жили 75 детей из осаждённого Ленинграда и эвакуированные. 

 В послевоенное время старшие классы постепенно закрывались, и школа снова была преобразована в семилетнюю, а с 1954-55 учебного года школа снова функционирует как средняя. В старших классах учились дети не только из Байдаровского сельсовета, но и выпускники семилетних школ из Кумбисерского, Теребаевского, Краснополянского сельсоветов Никольского района и Куриловского сельсовета Кичменгско-Городецкого района. 

В начале 90-х годов было отстроено  большое двухэтажное каменное церковное здание, тогда школа заняла всё  здание старой церкви. Впоследствии это здание долгое время было маслозаводом. Теперь оно пустует и разрушается.

Всем миром было построена  и начальная школа  в Петряеве, которая называлась Шалашневской. До наших дней сохранился сад около бывшей школы. Само здание сейчас находится в селе Лоха. Оно использовалось как интернат, а после пожара  в 1984 году в нём два года была  Байдаровская средняя школа (19 мая 1984 года  от удара шаровой молнии сгорело основное здание школы, однако занятия были прерваны лишь на два дня). Затем это здание принадлежало детскому дому Никольска.

30 мая 1986 года началось строительство новой школы, а 1 сентября 1987 года  открылось новое двухэтажное здание школы в кирпичном исполнении в деревне Травино.  С 1 сентября 2009 года школа функционирует как основная общеобразовательная. В 2015 году к ней присоединили детский сад. На сегодняшний день в школе 55 обучающихся,  10 воспитанников детского сада.

 

Из жизни школы сегодня